無料版では、アップロードファイルの拡張子制限がされています。
有料版をご契約頂くと拡張子制限はなくなりますが、CGI・SSI・PHPの３種類の拡張子は無料版・有料版いずれもアップロード不可となっております。
上記３種類の拡張子をご利用頂く場合は、FC2レンタルサーバーもご検討下さい。

また、携帯用のiフォルダ内には、1MBまでのファイルしかアップロードできません。
それ以上のファイルのものをアップロードしますと削除されますのでご注意ください。